三螺杆泵存放或长期停机时，必须进行防腐保护。在此情况下，其内外部均要进行防护封存，规定期间内的防腐保护效果取决于防护位置及泵的存放条件。通常情况下泵无需特殊防护。若额外需要，泵及备件出厂时可按客户要求的计划存放期进行特殊封存。外部防护通过涂漆或使用喷雾枪喷涂。
防护要点：所有未做处理的裸露金属或未涂漆零部件。将防护剂灌入泵内以达到防护目的。为此，首先用一法兰盖封闭泵的吸入口，在向泵内充灌防腐剂时，确保泵的排出口高于吸入口法兰，同时按泵旋转方向的相反方向缓慢盘动泵，充灌过程必须连续进行，直至防护剂到达出口法兰的密封线，且无汽泡。然后封闭泵的出口法兰。
三螺杆泵内部所有裸露金属零部件(如：泵壳体的内面、螺杆组件、球轴承及安全阀等)当三螺杆泵长期贮存时，用户必须定期检查泵的防护封存情况。每六个月应检查泵内防护剂液位，如有必要，应补加至泵出口法兰密封面。同时应检查包装损坏情况。若损坏应修复。三螺杆泵运行之前，必须清除封存防护剂，同时处置必须符合环保要求。
三螺杆泵内部通常可通过泵送的介质冲洗以清除防护剂或者可用合适的溶剂清除泵内外部的防护剂。合适的溶剂诸如：汽油、苯、柴油、酒精、碱(工业清洗剂)或其它的蜡制溶剂，或也可使用添加合适混合剂的蒸汽喷射装置(可预先使用蜡制溶剂)。
在三螺杆泵长期贮存后再开机之前，必须检查所有弹性元件(O形圈和轴密封)的弹性变形情况。必须更换老化的弹性元件，而且泵内应充灌流体以防咬死，同时应检查附带的或管线上安装的泄压阀是否连通。
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