虽然我国机床行业两化融合取得了一定的效果，但还存在诸多方面的不足，具体来说有四个方面：
生产管理理念落后，制造环节信息技术应用水平低。目前，我国机床行业企业的生产方式和管理理念普遍落后，企业缺乏动力和条件发展生产制造环节的信息化，使得制造环节两化融合水平成为机床企业提高生产效率和产品质量的瓶颈。综合协同创新能力不足。
根据两化融合评估结果，机床行业企业目前信息化单项应用的情况整体较好，信息集成应用也有了一定的规模和水平，但信息系统之间综合集成、协同与创新的水平还有待提高。其中，规模较小的企业由于起步较晚、基础投入不足、管理不规范等制约因素，实现综合集成及协同与创新更加艰难。
缺乏适应行业需求的信息系统。信息系统是企业两化融合建设的基础，目前市场上缺乏较为适合机床企业的信息系统，使得两化融合工作往往事倍功半，难以达到预期目标。行业标准滞后，两化融合规范程度不足。适合机床行业的信息化建设标准对行业企业规范、深入推行两化融合工作具有重要意义。
目前我国尚没有统一的信息化标准规范，机床行业更是缺乏适用的两化融合标准，这导致机床企业在单项系统应用中往往采用不同的建模标准和业务流程规范，使得各系统之间数据交换、衔接和协同集成困难重重。
