1、处理的介质不同
一般污水泵处理的水质状况比较恶劣，水质中可能含有高腐蚀性、易缠绕或聚束的纤维物，比如输送介质为粪便或液体，含有纤维、纸屑等固体颗粒；而清水泵处理的工况相对简单，输送的介质为清水，对于产品的材质要求较污水泵而言，更容易选择。
2、结构不同
因为二者处理的介质不同，所以在结构设计上也存在较大差异。污水泵需要技术处理掉长纤维，纸屑等固体颗粒的介质，所以抗堵性和可靠性是污水泵优劣的重要因素。通常，为了避免杂物堵塞管道，一般会把流道设计的很宽。
清水泵由电机和水泵组合而成，主要用来输送清水，由于运输介质没有杂质和颗粒物，所以清水泵的叶轮之间空隙小，这样就产生了一个弊端：如果工作过程中产生杂物，容易堵塞在叶轮里面，叶轮不能转动，便会发生故障。
3、应用范围不同
污水泵被应用于输送工业废水、泵站排水、城市防洪水排放等领域；而清水泵被应用于深井取水，农业灌溉、海洋平台等领域。
随着水泵技术的不断发展，功能单一的清水泵和污水泵逐渐被污水/清水两用型的潜水排污泵所取代。作为新泵类产品，具有节能效果显著、防缠绕、无堵塞、密封性好、机械度高，耐磨损、耐腐蚀等特点，除了适用于输送污水外，还可以作为疏水泵、纸浆泵、灌溉用泵等，广泛应用于矿山、建筑工地、医院、宾馆、污水处理等场合。